O Programa de Doutoramento (3º Ciclo) em Ciências Biomédicas do IHMT/UNL, recentemente reformulado, baseia-se numa estrutura de ensino e de investigação, com as especialidades de Parasitologia, Microbiologia e Biologia Molecular e Celular, e tem uma forte participação de estudantes provenientes dos Países da Comunidade de Países de Língua portuguesa (CPLP).